野生種群
如果管理得當且影響最小，沿海水域的網箱可能成為魚的聚集設備（FAD），並有可能提供棲息地價值。 藻類將在網箱的結構上生長，這將吸引小型浮游動物，進而吸引小型魚類和甲殼類動物。 這些小生物最終將吸引更大的捕食者進入結構，從而在FAD周圍形成一個小的生態系統。 正確管理的沿海有鰭魚籠有可能將魚吸引到原本沒有魚的地區。 文獻
魚苗和親魚的來源
親魚通常在陸基孵化場生產，在那裡養殖魚類和其他物種以產生幼蟲並生長到足夠大的尺寸以轉移到養成設施. 然而，在某些地方和某些物種，水產養殖生產系統執行有時被稱為“放牧”的活動。 這種形式的水產養殖依賴於捕獲年輕的野生種群作為魚苗或亞成魚，這些魚苗將被重新安置在海洋網箱中並在它們進入市場之前進行餵養。 通常依賴這種方法的物種是遮目魚、金槍魚、黃尾魚（seriola）和甲殼類動物。
從生態學的角度來看，基於孵化場的水產養殖方法通常比放牧技術更可取。 從野外採集大量幼魚會對當地種群產生負面影響——特別是如果大規模進行的話，會對種群繁殖和總體豐度產生負面影響。 牧場可以影響食物網，並在整個海洋生態系統中產生涓滴效應。 此外，將野生物種放養到集約化養殖系統可能會產生生物安全風險並可能引入疾病。
許多這些可能的環境問題可以通過從可靠的封閉孵化系統採購魚苗和幼魚來緩解，在該系統中，工作人員可以控製成魚和幼魚的生命週期。 文獻 在孵化系統中，圈養成魚用於生產幼魚，然後將幼魚轉移到海洋網箱中生長。 通過使用孵化場飼養的物種，農場經理不依賴野生種群來放養籠子，除了採購選定的成年親魚。
擒縱機構
由於水產養殖發生在海洋和近岸環境中，如果在捕撈或種群轉移操作過程中不注意網箱或網箱破損或不小心，養殖種群可能會逃到野外。 這些逃逸事件有時也被稱為“洩漏”。 逃逸事件可能會造成多種生態影響：改變食物網動態、將疾病轉移到野生種群，以及通過與野生物種雜交對野生種群產生遺傳影響。 如果逃逸的種群在野外建立種群，它們就有可能與其他野生物種競爭或將疾病傳播給野生種群。 逃逸物種也可以與野生種群雜交，並且根據養殖物種的狀況，可能會在基因上改變或削弱野生種群。 文獻
這些環境和遺傳問題可以通過適當的網箱管理來緩解，包括定期評估網箱的狀況並確保在需要時完成維修。 如果不維護蚊帳並使其減弱，則會發生擒縱機構。 但是，如果管理者積極維護蚊帳的整體健康和狀況，擒縱機構將被最小化。
受保護物種的糾纏
還應考慮水產養殖活動對有關物種的影響，例如海洋哺乳動物（儒艮，海豚，鯨魚），海龜和海鳥。 考慮到大多數水產養殖活動的特點是固定地點並具有張緊的繫泊繩，與其他帶有漂流或未張緊的活動（如盆栽漁業或刺網）相比，大多數海洋有鰭魚類的活動通常具有較低的糾纏風險。
餵寵物用具
水產養殖飼料是有鰭魚類養殖可持續性的最重要驅動力之一。 飼料也往往是農場運營中最昂貴的組成部分，並且通常仍依賴魚粉和野生魚類資源中的油脂。 在許多國家和小型農場中，與商業顆粒相反，可以將整條魚，魚塊和/或動物屠宰廢物用作飼料。 使用全部非專業飼料會降低水質，因為這些物質很容易在水柱或海底溶解並分解，導致有機物堆積，從而影響周圍的生態系統。
使用這些飼料代替商業顆粒飼料在生態上和經濟上效率低下，因為它們可能無法提供最低的營養要求，從而可能導致較低的生長速度。 另外，通過使用未經某種程度加工或滅菌的有機材料作為飼料，養殖場經營者可能會引入病原體和寄生蟲。 文獻 適當的管理程序應包括尋找商業顆粒以減少農場對環境的影響。 管理人員必須確保魚類消耗盡可能多的飼料，因為未食用的顆粒可能會沉入海底或隨水流漂走，這兩種情況都會對當地環境產生影響。
要記住的一個非常重要的參數是FIFO，即Fish In-Fish Out。 該參數表示要生產一定數量的養殖魚需要多少野生飼料魚。 以鮭魚為例，生產0.82千克養殖鮭魚需要1千克飼料魚，而生產0.53千克海魚則需要1千克。 文獻
此外，雙殼類和藻類等物種不需要飼料，實際上可以通過濾食和養分吸收來改善水質。 這些物種通過組織和外殼吸收營養物質（包括氮和磷），然後在收穫期間從水體中去除。 雙殼貝類通過過濾水柱中的有機物和顆粒物來提高水的透明度。 這些過程可以幫助減輕人為對水質的影響，並降低可能由不可持續的有鰭魚飼養方式引起的富營養化的可能性。